Aunque ya desde 1293, Alcalá contaba con un Estudio General aprobado por el Rey Sancho IV, la Universidad de Alcalá fue fundada por el Regente de España, el Cardenal Cisneros, en 1499.
Tomó en sus inicios el nombre de Universidad Complutense, ya que éste es el gentilicio de Alcalá de Henares derivado del nombre Romano de la Ciudad: Complutum.
El prestigio, por otra parte, de sus estudios así como de sus maestros la convirtió muy pronto en el modelo sobre el que se constituyeron las nuevas Universidades en América.
Trasladada a Madrid a mediados del siglo XIX, como resultado del proceso de desamortización, la aspiración de recuperación de la Universidad de Alcalá se mantuvo viva desde entonces gracias a la Sociedad de Condueños de la Universidad de Alcalá. El aliento de los alcalainos, y el prestigio de su pasado hicieron posible que en 1977 volviera a abrir sus aulas la Universidad de Alcalá.
Los tunos han estado siempre presentes en la Universidad, en sus inicios eran los sopistas los que con sus canciones amenizaban las calles de la Ciudad y cantaban a sus mujeres, estos estudiantes, con habilidades musicales y de otras índoles, se fueron juntando para cantar rondas y amenizar eventos. A estas agrupaciones de estudiantes haciendo ruido por las noches se les empezó a denominar con el nombre de Tuna, como una derivación de la palabra tunante que significaba vividor.
Cuando la Universidad se trasladó a Madrid, Alcalá de Henares se quedó sin Tuna hasta que en los años 60 se construyera la Universidad Laboral y un grupo de estudiantes fundara la Tuna.
Posteriormente cuando la Universidad de Alcalá reabrió sus puertas, se crearía la Tuna de la Universidad conviviendo con la Tuna de la Laboral por varios años y hasta que en 1984 se fusionaran. Más tarde la Universidad Laboral se desmantelaría y sus estudios de Ingeniería pasaron a formar parte de la Universidad de Alcalá.